Häufig wird die Frage gestellt, wie das Verhältnis zwischen Fair Trade und bio ist. Grundsätzlich stellt der Faire Handel soziale und wirtschaftliche Nachhaltigkeitsaspekte in den Vordergrund, während mit dem Bio-Siegel v.a. die ökologische Nachhaltigkeit abzielt. Mittlerweile wird dem ökologischen Anbau und umweltverträglichen Produktionsweisen unter dem Gesichtspunkt einer nachhaltigen Entwicklung ein höherer Stellenwert im fairen Handel zugemessen. Dabei kommt es häufig zu einem Zusammenspiel aus Kriterien der Umweltverträglichkeit und der Arbeitsbedingungen, etwa beim gesundheitsschädlichen Einsatz von Pestiziden.

Fair Trade und bio sind also nicht ein und dasselbe, ergänzen sich aber. Laut einer Pressemeldung des TransFair e.V. (16.02.12) trugen in 2011 65% der fair-zertifizierten Produkte auch das Bio-Siegel, der Anteil bei Kaffee, Tee oder Bananen lag sogar noch höher. Einen guten Überblick über die Gemeinsamkeiten liefert die Seite  http://www.bio-liebt-fair.de/